公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年被其父源堂呼唤至第三新东京市地下的NERV 本部。 碇真嗣和身为NERV司令官的父亲碇元渡有十年的时间都不在一起，面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是∶“坐上EVA。 ”消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。

　　来袭使徒压倒性的强大，第三新东京市的地下空洞以及EVA初号机这些SF方面的描写，使第一话显得多姿多彩。剧中采用了不少有电影效果的构图，相当有特色，但对于消极的14岁少年的性格，却十分难把握。制作组根据庵野总监督于95年3月的制作会议上的要求“这次的作品，一定要在最初就全力推出去”，都很认真地去执行。虽然这一话要与第二话合起来才是完整的一部分，但即便如此，一样造成了一定的冲击感。