南方某省公安厅的秘密询问处，女督察杨华以及督察处处长史杰正在进行司法询问，对指控汉山市刑警支队长龙达"性侵犯"的案件进行调查。
　　在汉山市警方的缉毒过程中，线人赵东携带10件7千克海洛因神秘失踪，主管这次行动的龙达因此背负重大责任事故的罪名。此时又有检举龙达贪污受贿的举报信送来，省厅决定委任杨华去调查龙达的问题，并且对曾被检举有重大问题的汉山市仁昌集团进行秘密调查。在杨华找到与仁昌集团有关的证人宋大福进行询问时，宋却突然身亡。龙达被暂时羁押，执行"双规"。龙达接到赵东"砖窑、生命危险"的寻呼，无奈之下打倒看守他的史杰，逃出警局。
　　龙达来到赵东求救的砖窑，并没有发现赵东，而且再次陷入杀人的重大嫌疑。市局决定内部通缉龙达。龙达感到自己陷入别人的阴谋，便去找指控他"性侵犯"的柳思思，企图从中获取一些消息，而此时的柳思思则被冷野云追杀，龙达搭救并胁持柳思思，开始逃亡。
　　在龙达的追问下，柳思思撒谎说是因为钱的关系而被迫诬陷龙达，龙达准备把她交给马玉，为自己辩白。在龙达与马玉进行交涉的场所周围，被史杰布下了狙击手，以防龙达反抗，龙达愤而逃走。杨华发现史杰一直在与线人进行秘密接触，加之此次史杰的行动，杨华开始怀疑史杰，认为史杰与龙达有重大关系，企图杀人灭口。龙达接到赵东的传呼：我危险、小木屋。
　　龙达赶到小木屋，却发现呼他的却是女儿龙小菲，龙达让女儿去临海找郭为人。龙小菲前往临海的行动被夜总会老板冷野云发现，冷野云设了圈套，让柳思思和龙达前往临海。所有的矛盾都指向了临海，杨华、史杰决定去临海找寻龙达的下落。
　　通过技术鉴定，史杰发现最近发生的系列枪杀案所用的枪支，竟然都是龙达曾报失的枪支。龙达去找郭为人，不料杨华等先到一步，龙达险些被擒，无奈之下龙达胁持、并误伤了郭为人。龙达把警枪交给柳思思保管，怎料柳思思竟然号称警枪被神秘人夺去，龙达心生疑惑。
　　冷野云的手下王子明绑架了英子，赵东被迫现身。龙达找到王子明，得到赵东的消息。王子明企图反抗，被龙达杀死。龙达将龙小菲交给郭为人的未婚妻，也是自己曾经的爱人--叶楠照顾。
　　史杰决定打入贩毒网内部。杨华通过省厅的卧底何进联系到柳思思，经过谈判，柳思思把龙达冒充毒贩去"金枪鱼"处寻找赵东的事情告诉了杨华，史杰等人决定将"金枪鱼"与龙达一网打尽。
　　金枪鱼安排了龙达与名叫"老发"的毒贩的交易，熟料"老发"竟然是史杰，史杰缺乏卧底经验而引起金枪鱼的怀疑，龙达利用赵东掩饰了史杰的身份，救了史杰一命。龙达让赵东给警局打电话以证明自己的清白，不料赵东由于英子被冷野云绑架而再次诬陷龙达。柳思思被冷野云绑架。
　　史杰将金枪鱼抓获，让金枪鱼作卧底，与冷野云进行交易。龙达从英子口中得知柳思思被囚禁在野玫瑰夜总会，便赶回汉山市营救柳思思。冷野云在警方的抓捕中逃脱，史杰却意外地抓捕了前来营救柳思思的龙达。
　　杨华认为：查清仁昌集团的问题，关键人物在于宋大福的女儿宋佳丽。杨华去找宋佳丽，遭遇冷野云。赵东用呼机与史杰联系，史杰要求龙达协助他去营救杨华，救出杨华后，史杰机巧地放走了龙达。龙达从赵东口中得知是冷野云在陷害自己，当龙达拉着赵东去警局解释一切的时候，赵东被枪杀，而凶器正是龙达丢失的警枪。
　　史杰放走龙达的行为引起杨华的不满，而被羁押在警局的"叫化子"则向杨华提供了一些史杰与龙达的照片，企图陷害史杰。柳思思去找宋佳丽的途中被孙铁绑架，说出了龙达的下落。马玉跟踪龙达，找到了宋佳丽，龙达告诉马玉警方内部可能有奸细，马玉出于信任而放走了龙达。龙达与孙铁等人相遇，展开枪战，此时，以凶残闻名的省厅名捕徐海宽出现，三方混战，龙达脱逃。
　　龙达去取宋佳丽所保存的宋大福的最后一本日记，在大学宿舍与冷野云遭遇，龙达从冷野云处找到姘妇"黑茉莉"的照片。宋佳丽将日记本交给史杰，史杰发现有关9月16日的记录是空白的。杨华一直在对仁昌集团以及野玫瑰进行着调查，发现野玫瑰的最初资金来自于黑马货运公司(仁昌集团的前身)。
　　柳思思怀疑冷野云不是最后的黑手，而幕后的黑手在仁昌集团。杨华去仁昌集团问询董事长张仁昌，张仁昌表现的很积极，一定程度上打消了警方的疑心。
　　杨华对宋大福留下的日记进行仔细的分析，从中发现一个关键人物--陈海，他的手中掌握着仁昌集团的巨大秘密。冷野云绑架龙小菲，以此要挟龙达，紧要关头，史杰救了龙达，冷野云被击毙，龙达得到一个讯息：黑匣子。而此时杨华发现，冷野云就是日记上所说的陈海，杨华对史杰的疑虑又增。
　　杨华从马玉口中得知史杰并不是龙达的帮凶，而他的一系列举动都是有着他自己的计划，杨华对史杰有了新的认识。在金秘书极力主张将史杰停职的时候，杨华坚持让史杰继续工作。"黑茉莉"听说情夫冷野云被击毙，恐慌不已，决定将"黑匣子"卖给张仁昌之后远走高飞。卧底何进将消息传给了杨华，杨华又让史杰转告了龙达，企图一网打尽。在交易场所，混战一场，龙达胁持史杰得以逃脱。
　　杨华从龙小菲口中得知叶楠和龙达的关系，进而找到叶楠，得到龙达的落脚之处。徐海宽带人前往捉拿龙达，而张仁昌以为龙达已经拿到黑匣子，也派人前往龙达住处，徐海宽与张仁昌的属下火并，徐海宽英勇牺牲。史杰等人发现宋大福是张仁昌的养父，并且打听到了关于日记本上"9月14日"的相关消息。史杰把消息传给龙达，二人决定合作，龙达负责"黑匣子"，史杰负责调查9月14日到底发生了什么事。
　　龙达和史杰对柳思思的身份一直存在疑惑，通过一次长谈，龙达得知柳思思的身世，并且得知柳思思的父母死于9月14日的一场火灾中。史杰通过消防队查到十年前9月14日的火灾，竟是在黑马货运公司发生的，烧死八人。宋大福利用这次火灾，为张仁昌骗取保险金达2400万。进一步的调查显示，火灾赔付的供货方是冷野云，真像逐渐浮出水面，仁昌集团的原始积累竟是此次火灾。龙达想到了冷野云的姘妇"黑茉莉"，几经周折，龙达找到了黑茉莉，并从她手中拿到了所谓的"黑匣子"--一个黑色的记事本……