本片围绕神秘公司的第一例案件展开。在成为朋友之前，神秘公司的成员们过着各自不同的生活。起初，成员只包括jock Fred、Daphne、Velma、Shaggy。直到Scooby Doo发现他们的学校遭到破坏，他们决定走到一起，查明真相。