2011年4月，因为双亲要往海外出差，只剩下主角一个人留在日本生活，于是以一年为期限住在舅父的家里。在他转校到的八十神高中，有一个深夜电视的传言，“在雨夜的午夜0点，看着没有开着的电视上自己的脸，就会浮现一个人的映像”。为了确认深夜电视的传言主角去了异空间。在那里被被称为阴影袭击，而主角的Persona力量亦随之醒觉。得到了特殊的力量的主角们，决定解决在城市发生的连续杀人事件。