U.C.0123年，人们经过一段较长的和平日子后，新的野心家又再次出现。自称CV（死亡先锋）的谜之MS部队先后袭击了安罗狄亚地区的卫星，为了建立一个由贵族统治人类的社会Cosmos Babylon,决定向地球圈发起一次无差别的杀人行动。刚从军校毕业的西布克·阿诺驾驶新开发的GUNDAM F91，奋战在地球联邦军与CV交锋的最前线，展开一场保护人类生命的战争。